龙8国际头号玩家细胞研究单细胞分化轨迹单细胞与转录组结合分析轻松可发6+!
龙8国际头号玩家本研究的局限性:首先,scRNA-seq 配置文件来自早期 STAD;因此,可以识别的恶性细胞亚群可能是有限的。其次,PRS 是基于回顾性分析开发的,在临床实践中使用之前应在前瞻性试验中进行验证。
胃腺癌 (STAD) 是胃癌最常见的组织学类型,也是第五大最常见的癌症类型。STAD患者预后不良是由多种因素造成的,如晚期临床表现、遗传异质性和有效的耐药性。
结果解析01稳健的胃腺癌和非恶性细胞标志物 在 GSE66229 数据集中,本研究共识别出 14224 个 DEGs,其中上调 7799 个,下调 6425 个(图 1A)。在 GSE113255 中,共鉴定出 8669 个 DEG,其中上调7473 个,下调1196 个(图 1B)。在 TCGA-STAD 中,共识别出 13,353 个 DEG龙8国际头号玩家,其中上调 7077 个,下调 6276个(图 1C)。本研究发现,上调基因(图 1D)和下调基因(图 1E)在三个数据集中变化很大。因此,本研究又进行了稳健的秩聚合分析,选择了 50 个稳健的恶性标志物和 50 个稳健的非恶性标志物。在表达热图中中,这 100 个基因在三个数据集中显示了 STAD 和正常胃组织之间明显不同的表达模式(GSE66229 的图 1F、GSE113255 的图 1G 和 TCGA-STAD 的图 1H)。
此外,重叠的上调和下调基因涉及不同的KEGG通路。图 1I 显示了涉及重叠上调基因的前 20 条 KEGG 通路,图 1J 显示了涉及重叠下调基因的前 20 条 KEGG 通路。02早期胃腺癌的瘤内异质性 本研究通过SCINA 包将质量控制后剩余的 3771 个细胞识别为 2506 个恶性细胞、63 个非恶性细胞和 1202 个基于恶性和非恶性细胞标记的未知类型细胞(图 2A)。基于 100 个标记基因的表达模式,本研究发现PCA 无法很好地区分这三种类型的细胞(图 2B)。恶性细胞被进一步鉴定为九个细胞簇(图 2C),通过筛选细胞簇标记,使用前五个阳性标记(按 logFC 排名)绘制表达热图(图 2D)。
接下来本研究使用细胞簇标记进行伪时间分析。分析表明,恶性细胞的潜在细胞分化轨迹包括七种状态(图 3A)。本研究还进行了分支表达分析建模 (BEAM) 分析,以识别细胞簇标记基因,前 100 个重要基因的表达模式的热图如图所示(图 3B )。并进行了GSEA分析,结果表明八个细胞簇富含各种标志性基因组(图 3C)。
03用于预测胃癌预后的基于细胞标记的多基因风险评分 在TCGA-STAD数据集中,恶性标记基因和8个恶性细胞簇标记基因用于进行单变量Cox分析,38个基因与OS显著相关,其中PRS为 (RGS1、AADAC、NPC2、COL10A1、PRKCSH、RAMP1、PRR15L、TUBA1A、CXCR6 和 UPP1) [图 4A]。连续 tROC 曲线B)显示 PRS 在预测 5 年 OS 方面表现良好,ROC 曲线下面积 (AUC) = 0.794(图 4C)。将STAD 患者分为高危组或低危组,发现高风险组患者的 OS(图 4D)和 PFS(图 4E)短于低风险组患者,与常规临床病理因素相比,PRS 是一个独立的预后因素(图 4F)。
此外,本研究结合了与 OS 相关的常规临床病理因素,构建了一个预测 OS 率的列线 年的 OS 校准曲线表明预测和观察之间具有良好的一致性(图 5B-D)。接下来根据 GSE84437、GSE66229和 GSE26942 中的数据验证了 PRS 的预后价值。在数据集 GSE84437(图 6A)、GSE6229(图 6B)和 GSE26942(图 6C)中,高风险组患者的 OS 短于低风险组患者。
小编总结本研究的局限性:首先,scRNA-seq 配置文件来自早期 STAD;因此,可以识别的恶性细胞亚群可能是有限的。其次,PRS 是基于回顾性分析开发的,在临床实践中使用之前应在前瞻性试验中进行验证。第三,本研究缺乏分子实验来进一步探索恶性细胞标志物的具体机制龙8国际头号玩家。 尽管有这些限制,本研究揭示了早期 STAD 的有限但重要的 ITH。基于对组织和单细胞表达数据的综合分析,提出了一种基于恶性细胞亚群标记的 PRS,可以识别出存活率低的 STAD 患者。PRS 与肿瘤的常规临床病理学评估相结合,可以帮助临床医生提供更加个性化的治疗,希望这种分析方法能对大家日后的研究有所启发~