龙8long8,科学家解析大肠杆菌关键酶代谢纤维结构助力治疗细菌病原体疾病
研究中,他和团队展示了大肠杆菌胞苷三磷酸合成酶纤维、与大肠杆菌胞苷三磷酸、还原型辅酶 Ⅰ 和共价 6-重氮-5-氧代-L-正亮氨酸(DON,6-diazo-5-oxo-L-norleucine)的 2.9Å 冷冻电镜结构。龙8long8手机登录
通过结构分析和生化测定,课题组也揭示了还原型辅酶 Ⅰ 和腺嘌呤,对于大肠杆菌胞苷三磷酸合成酶的协同抑制作用。
大肠杆菌胞苷三磷酸合成酶,是许多不同疾病的潜在药物靶点。而该团队通过分析表明:α- 螺旋 12 是真核大肠杆菌胞苷三磷酸合成酶的一个更具特征的特征。
并表明:当将这种螺旋插入大肠杆菌胞苷三磷酸合成酶,会使其像人类大肠杆菌胞苷三磷酸合成酶一样在底物结合状态下形成纤维。
此外,课题组还获得了具有共价结合的 DON、大肠杆菌胞苷三磷酸、龙8long8手机登录还原型辅酶 Ⅰ 的大肠杆菌胞苷三磷酸合成酶的冷冻电镜结构。
未来,可以针对原核生物进行广谱性的抑制,由于不会对真核生物产生影响,因此可以设计新的抗生素。
即利用它们能够形成细胞蛇和形成纤维的特性,拓展开发新型材料。目前,该实验室已有数名组员在开展这方面的研究。
据了解,脱氧核糖核酸 DNA 和核糖核酸 RNA 都是长链分子,它们均由少数几个核苷酸排列组合而成。
CTPS 负责催化核苷酸 CTP 从头合成的最后一步,它能够将 UTP 和 ATP 作为底物生成 CTP。
在这一催化反应中,另一种核苷酸——三磷酸鸟苷,能对上述反应起到强有效的调节作用。这样一来,所有四个基本核苷酸都可以和 CTPS 结合。
因此,CTPS 也是被生物化学领域研究得非常透彻的一个酶。自 20 世纪 50 年代首次被研究以来,它已经成为生物化学教材中的经典酶之一。
通过研究 CTPS 人们得出了很多经典的生物化学概念。以酶和底物之间的相互调节这一概念为例,正是把 CTPS 作为作为范例。
2010 年的 5 月,刘冀珑在一篇论文中报道称在果蝇中的 CTPS 可以形成长条状的结构。
由于这个结构在光学显微镜下看起来非常像蛇,所以刘冀珑给它命名为“cytoophidium”(复数是“cytoophidia”)。
这个词是从希腊语而来,“cyto”是“细胞”的意思,“ophidium”是蛇的意思,“cytoophidium”的中文意思便是“细胞蛇”。
2010 年 7 月到 8 月之间,来自美国的另外两个课题组分别报道了 CTPS 在细菌和酿酒酵母里能够形成类似的纤维状结构。
从那以后,越来越多的科学家开始关注下面两个科学问题:类似于 CTPS 这样的代谢酶如何形成细胞蛇?细胞蛇在细胞里面到底发挥什么作用?
而到了 2024 年5月,在生物医学文献库 Pubmed 搜索关键词“cytoop*”(包含细胞蛇英文的单数和复数)可导出 95 篇论文龙8long8,其中 62 篇论文来自刘冀珑课题组和合作者。
2016 年,刘冀珑实验室从牛津大学搬到上海科技大学。回国以后,他和团队的一个重要方向是利用冷冻电镜技术,来探索 CTPS 与不同配体结合之后的近原子水平的高分辨率结构。
2016 年,郭陈君同学进入上海科技大学读本科,当时刘冀珑是他的导师。大二下学期,郭陈君来到刘冀珑实验室实习。
2019 年,该团队发现果蝇 CTPS 能够结合底物或者结合产物形成两种构象不同的纤维,借此发表了课题组第一篇结构生物学论文。
这也让他们初步认识到冷冻电镜的威力,但是所获得的分辨率还是不够好。当时,他们的目标是希望分辨率达到 4 埃。
之前,该团队对于果蝇 CTPS 的研究,和部分同行对于酵母菌和大肠杆菌 CTPS 的研究秉持不同观点。
但是,这样的解释让刘冀珑觉得并不完美,所以他想做得更加细致一些,并开始选择大肠杆菌 CTPS 作为研究对象,于是便开始了本次研究。
早在 1971 年,就有学者发现当原核生物 CTPS 在结合 DON 之后,还可以利用氨发生反应。
刘冀珑说:“我们常说眼见为实。对于代谢酶来说,虽然学界做了很多生物化学实验,但假如没有一个结构的话,就会有雾里看花的感觉。”
由于本次分辨率达到 2.9 埃,通过此他们发现该结构存在一个孔洞,但是和领域内的经典孔洞并不一样。
具体来说:这个孔洞可以让氨气进入到氨气通道,而这个通道可以让氨气扩散到另外一个结构域进而发生反应。
也就是说,本次研究可以从结构上来解释,到底 DON 结合后的 CTPS,是如何让氨气进入氨气通道、以及又是如何发生反应的。
CTP 是 CTPS 催化的反应产物。该课题组曾在真核生物果蝇里,首次发现 CTPS 有两个 CTP 结合位点。其他课题组则在原核生物里发现只有一个 CTP 结合位点。
借此发现:大肠杆菌 CTPS 对应的真核生物 CTP 结合的第二个位点位置口袋太小,因此无法装下第二个 CTP。
2016 年,有学者发现还原型辅酶 Ⅰ 可以结合 CTPS 上面。但是,怎么结合?结合在哪儿?对此人们依旧不清楚。
期间,他们把 DON、CTP 和还原型辅酶 Ⅰ 这三个不同的配体,与大肠杆菌 CTPS 加以结合。
通过此龙8long8,他们发现真核生物 CTPS 中的 α- 螺旋 12,在原核生物的大部分物种的 CTPS 中处于缺失状态。
另据悉,在本次研究中他们也使用了 AlphaFold2,借此设计出一个融合人类蛋白片段的原核 CTPS 蛋白。
该团队的郭陈君也表示:“CTPS 是一座宝矿,虽然已经被研究了 70 多年,但是仍有许多关键的问题没有得到准确的回答。”